传统的刑事诉讼的证明责任是由公诉机关承担。被告人不负自证无罪的责任。因此，刑事诉讼中被告人或嫌疑人一般不负举证责任。巨额财产来源不明罪出台后，多数学者认为本罪打破了刑事诉讼举证责任的常规，实行了举证责任的倒置。倒置的理由就是“说明来源”，不能说明来源，即以巨额财产来源不明罪定罪处罚。因此，被告人或者嫌疑人必须提供证明说明“说明来源”的真实性，才能逃避巨额财产来源不明罪的惩罚。但也有观点认为，巨额财产来源不明罪的举证责任并没有打破常规，仍由公诉机关承担举证责任。被告人或嫌疑人只需说明来源，至于“说明来源”的真假，仍由公诉机关举证证明，被告人或嫌疑人不负举证责任。

    笔者认为，就目前来说，巨额财产来源不明罪的举证责任是“倒置”还是“正置”，法律并没有一个明确的说法，司法实践中的具体做法也并没有要求被告人或嫌疑人举证说明自己无罪，而仍然采取了传统的做法由公诉机关证明行为人“说明来源”的“真假”。笔者认为，分配举证责任，要从有利于证明案件事实的角度出发，要考虑举证责任分配的可能性与现实性，并结合立法的目的。举证责任分配可能性是指当事人提供证据的能力。标准有两个：一是证据应当或者事实上为哪一方当事人所掌握和控制；二是由哪一方当事人提供证据所造成的困难最小。将举证责任分配给永远无法证明的一方当事人显然是错误的。从举证责任分配的可能性与现实性出发，不可否认，由行为人提供证据证明巨额财产的真实来源要比公诉机关容易得多。另外，巨额财产来源不明罪是对行为人不如实说明财产真实来源的行为的惩罚，是一种“行为型”犯罪。行为人有能力说明而“拒不说明”，只能认为其愿意接受巨额财产来源不明罪的处罚。因此，笔者建议，巨额财产来源不明罪即使不实行举证责任倒置，也必须提高行为人“说明来源”的程度，如“举证说明”或提供确切证据线索说明或者作出“合理满意的说明”等。甚至让行为人承担适当的举证责任。一是因为行为人是国家工作人员，犯罪主体是特殊主体，巨额财产来源不明罪是身份犯，其对巨额财产的真实来源负有法定的申报或说明义务，不履行该法定义务即可构成本罪。二是因为行为人承担一定的举证责任，更符合举证责任分配的现实性与可能性。三是因为行为人对自己的主张承担一定的举证责任。笔者认为并不违背“被告人不得自证无罪”的举证规则。因为行为人提供确凿的证据或线索说明巨额财产的真实来源，只是对自己的主张负责，罪与非罪的举证责任仍然由公诉机关承担。行为人的主张不能成立，行为人并不必然构成巨额财产来源不明罪。公诉机关如果以巨额财产来源不明罪对行为人提起公诉，必须有确凿的证据证明行为人有“拒不说明”财产真实来源的行为。也就是行为人说明的“真假”，必须由公诉机关举证证实。四是如果行为人对其“说明”没有任何责任，其就会将巨额财产的来源任意作虚假说明，或者作了真实说明，但检察机关不能查明财产的真实来源，责任如何承担？由行为人承担是不符合道理的，因为行为人已作“说明”。检察机关不能查明的责任只能由检察机关自己负责。按照“疑罪从无”的原则只能推定行为人无罪。那么，巨额财产来源不明罪只能形同虚设。因此，笔者建议应提高“说明”的程度或标准。并且限定其“说明或申报”的时间，不能让其无限期拖延下去，以提高司法效率。

    另外，法条规定责令说明来源，是“可以”，而不是“应当”，笔者认为这样规定不严谨。“可以”包含不是必须的意思。司法机关发现行为人持有或支出巨额财产按照法律规定是“可以”责令其说明来源，既然是“可以”，当然也可以不责令其说明来源。这样容易给行为人和司法机关造成一种错觉，责令其说明来源是构成巨额财产来源不明罪的一个前提条件。也给一些司法人员与行为人同流合污打开了方便之门。司法人员在办案过程中可以无视行为人持有或支出巨额财产的事实，而只按发现并查明的其他事实草草结案，无疑是放纵了犯罪。但是因为法条规定的是“可以”，而不是“应当”。司法人员即使钻了法律的空子，也不构成失职。“既然是可以，当然也不可以”。因此，为了杜绝上述法律漏洞，笔者建议，法条应将“可以”规定为“应当”，以增强法条的严谨性。